鸾上人以来的血脉断绝，更不愿看到一向宗法脉的断绝。为了尽可能保全法脉的存续，以及重视朝廷权威，石山本愿寺高层在万般无奈之下不得不接受世俗权力的支配。

为了体现石山本愿寺一方的诚意，本愿寺显如很快就命亲族、坊官等尽数退出御影堂、阿弥陀堂，并在下令石山本愿寺以及寺内町的守军全面禁止抵抗、放下武器后，就与庆寿院镇永尼、如春尼、明觉寺行兴、盛光寺祐心、净照坊明春、法专坊贤胜、下间赖总、下间赖言等人一同退出了石山御坊，在上杉军的护送下前往京都。

不过，上杉军在接管石山御坊后，清定为了避免近畿诸国的一向一揆众再对上杉家造成威胁，就打算趁机将本愿寺教团进行拆分。

于是，清定就以京都龙谷山一带划为本愿寺的新址，让本愿寺显如、庆寿院镇永尼、如春尼等人入驻，仍由本愿寺显如担任住持，是为西本愿寺（龙谷山本愿寺），寺领三万五千石。

但同时，清定还划出京都乌丸七条一带，让本愿寺显如的长男本愿寺教如入驻并担任住持，是为东本愿寺（七条本愿寺），寺领一万五千石。

另外，清定还通过朝廷的运作，将越后颈城郡本誓寺作为北本愿寺，继续由本誓寺超贤担任住持，负责统辖北陆道、关东八国、奥羽两州、信浓等地的一向宗分寺。

面对上杉清定拆分本愿寺教团之举，本愿寺显如、庆寿院镇永尼、如春尼、明觉寺行兴、盛光寺祐心、净照坊明春、法专坊贤胜、下间赖总、下间赖言等石山本愿寺高层一开始并没有作太多考虑。毕竟，石山本愿寺方面仅仅只是要求上杉家确保本愿寺的寺领不得低于三万石。

此时的本愿寺教如才只有三岁，并不能处理任何的寺中事务，表面上本愿寺教团被上杉家进行拆分，可实际上，控制权仍在石山本愿寺高层的高层手中。至于本誓寺超贤统辖北陆道、关东八国、奥羽两州、信浓等地的一向宗分寺之事，他们也深知反对无效。

谁让本誓寺超贤在东国之地享有盛名，加上还深受上杉清定的信赖。导致东国绝大部分的一向宗信徒、坊官、代官、僧侣等只知本誓寺超贤，不知一向宗法主。

鉴于石山本愿寺高层皆没有反对自己拆分本愿寺教团之举，清定就赐予他们每人一百两黄金作为安抚。

而本愿寺显如在离开石山御坊后，就派遣使者前往播磨各地，号召播磨一国的一向宗信徒停止与上杉家进行对抗，否则将进行破门处置。